De Sint Matthiaskerk werd in de volkstaal ‘Sint Matthijs’ genoemd. Het was eigenlijk de enige volkskerk naast de twee kapittelkerken Sint Servaas en Slevrouwe in middeleeuws Maastricht. De kerk met zijn robuuste toren ligt aan de Boschstraat, de uitvalsweg uit de stad die leidde naar de Boschpoort.
De oudste vermelding van een kerk op deze plek in de stad dateert uit 1297-1298. Op 24 februari 1351 aan de vooravond van het feest van de kerkpatroon werd de eerste steen gelegd voor een aan de apostel Matthias gewijde kerk. De kerk werd ingewijd circa 1500 door de Luikse bisschop Jan van Horne. Zijn persoonlijke wapen is nog altijd te zien op de kraagsteen van de derde westelijke zuil in de noordbeuk. Het enige restant van de oudste Matthijskerk is de toren. De toren staat schuin op de as van het kerkgebouw. De veertig meter hoge toren werd nooit voltooid. In 1769 werd het dak op de toren gezet, zoals we dat vandaag nog kunnen zien. De toren is uitgevoerd in de lokale mergelsteen, met uitzondering van het onderste gedeelte en de er tegenaan gebouwde traptoren; die werden uitgevoerd in Naamse hardsteen.
Ten oosten en noordoosten van de kerk lag, zoals gebruikelijk in de middeleeuwen, het parochiekerkhof en later was er nog een parochiële begraafplaats behorende bij de Sint Matthijs op de hoek van de Batterijstraat en de Uitbelderstraat.
De gotische Sint Matthiaskerk heeft drie schepen verdeeld in zes traveeën en een koor met twee traveeën; het middenschip eindigt in een koor met vijf hoge gotische vensters. Aan het eind van de noordbeuk is de sacristie. Het middenschip wordt overwelfd door de gebruikelijke gotische kruisribgewelven. De zuilen staan niet precies in een lijn en doordat de kapitelen niet overal even nauwkeurig aansluiten, steken soms bouwdelen erover heen. Bij het koor ziet men dat de kapitelen zelfs smaller zijn dan de omvang van de zuil. De kapitelen aan de westelijke zijde hebben irisbladeren als ornament.
Tijdens een restauratie in 1925 zijn wandschilderingen ontdekt. Zo is er een Verrijzenisvoorstelling te zien in de noordbeuk (1585) en laatgotische rankenschilderingen in de gewelven van de zuidelijke beuk.
In 1566 braken de Calvinisten de kerk open en vernielden in het interieur alle beelden. Een jaar later in april 1567 moesten ze de kerk weer terug geven voor de katholieke eredienst. Van 1576 tot 1579 keerden de calvinisten weer terug in de kerk. In 1579 werd Maastricht belegerd, veroverd en gebrandschat door de Hertog van Parma. In de noordbeuk aan de westelijke kant is het grafmonument van Antonius Simoneta, en Spaanse officier die op 8 april 1579 sneuvelde. In 1632, nadat Frederik Hendrik de stad had veroverd, kwam het godshuis weer in handen van de Calvinisten. De katholieken gingen naar de kerk in de (inmiddels afgebroken) Catharina kapel, die exact aan de overkant lag aan de Boschstraat. Met uitzondering van een korte onderbreking van 1673 tot 1678 zou de ‘Matthijs’ een protestantse kerk blijven tot de Franse bezetters in 1794 de kerk confisqueerden. In het gebouw werd de garnizoensbakkerij gevestigd!
Vanaf 1802 werd de kerk teruggegeven aan de katholieken; de parochie en de kerk van Sint Matthijs konden weer worden opgebouwd.
In de loop van de negentiende eeuw kreeg de kerk een nieuwe bekapping, neogotische glas–in-loodramen, nieuw kerkmeubilair en een nieuwe beschildering. De beschildering werd weer verwijderd in 1925 toen de kerk werd bekleed met Silesisch marmer. Charles Eyck heeft de laatste serie glas-in–lood vensters in 1926 ontworpen.